自然指数(Nature Index)于2014年11月首次发布，是依托于全球顶级期刊(《自然》系列、《科学》《细胞》等82种自然科学类期刊)，统计各高校、科研院所(国家)在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。运用这个数据库，可以根据各机构的论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引。目前，自然指数已发展成为国际公认的能够衡量机构、国家和地区在自然科学领域的高质量研究产出与合作情况的重要指标，在全球范围内有较大影响力。
中国内地高校中，排名前10的有中国科学院大学、中国科学技术大学、北京大学、南京大学、清华大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学、中山大学、南开大学。以上10所高校加上四川大学、武汉大学、南方科技大学、苏州大学进入全球学术机构排名前50。
作为新晋“双一流”高校，南方科技大学、上海科技大学表现亮眼，分别位列中国内地高校第13和第44名。“双非”高校中，深圳大学、山东师范大学、南京工业大学、浙江工业大学、扬州大学同样位居前列、表现优异。
最新自然指数排名中国内地高校排名情况如下：
